生物标记物发现 | 基于lcms-乐鱼apo

基于lcms-it-tof和解析软件的蛋白质变动成分解析

已知基于基因信息在生物体内进行表达的蛋白质,其表达与以癌为代表的各类疾病相应发生特异性变动。

作为检测上述蛋白质的量/质的变化的手段,有多种手段。使用纳升lc进行肽成分的分离,通过组合使用lcms-it-tof及统计解析软件,解析、鉴定变动成分也是方法之一。在此介绍这些方法。

对于胰蛋白酶酶切的酵母提取蛋白质组(200fmol)及酵母提取蛋白质组(200fmol)+bsa(10fmol),作为模型实验类样品,分别使用纳升lc、lcms-it-tof系统进行分析(n=3)。

对于检测出的肽离子的ms数据,使用代谢组学解析软件进行主成分分析(pca),提取以主成分轴分离的变动成分,根据需要,使用自动msn功能等,自动取得目标肽的ms/ms数据,进行mascot检索、蛋白质鉴定。

对于有无添加bsa的酵母蛋白质组的解析结果

对于有无bsa添加的酵母蛋白质组主成分分析的结果,第一主成分轴(pc1)上获得了明确的分离,作为来自添加的bsa的肽所产生的成分检出。

如上所述,通过组合主成分分析等多变量解析,可使用软件只提取显著的差异性部分。使用这样的方法,可以在不进行稳定同位素标记或全面鉴定所有成分的情况下,可以仅对可见变动的成分进行高效率的检测·鉴定。

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